中三の娘、不登校が約２年続いています。
自分への自信を喪失してるため、過食になり激太りして尚外に出られない程になってしまいました。

そしてさらなることに、甥っ子と付き合い始め、関係をもってしまったのです。
私は2人が部屋にいるのを見てしまったのです。甥っ子を信じていたので、付き合いは認めましたが、そこまでなるのは完全に私の甘い考えでした。

2人は本気なようですが、娘は関係を持てば自分の自信になる、また甥っ子の気持ちを確認できると思ったようです。

2人が想い合うことは否定できませんが、早くからこのようになり大変ショックなのとこれから迎える受験は大丈夫なのか心配です。

みなさんはこうなった場合どうされますでしょうか？

本当に難しい問題ですね。
私は中学校の教員もやっていましたが、個人的にまず心配なのは妊娠です。
望まない妊娠は本人や周囲を大きく傷つける結果になることが多いですよね。
ただ過食があるとのことから、本人の自己肯定感の低さが一番心配です。
最良の薬はご家族の絶対的で無条件な愛情（駆け引きのない安心感みたいな）かもしれないです。
ご家族の愛情を、本人にわかるように言葉（自分の子供はどんなところもかわいい、とか）と態度（抱きしめるなど）で根気よく示してあげるとよいのかも。
私の友人は、親からいつも条件つきの愛情しか感じられなかった事が今でも心の傷だそうです。
友人の親さんの本心に関係なく、本人がそう感じて育った事が重要で、彼女は大人になって受診して初めて原因がそこにあることに気づいたそうです。
（お気を悪くしたらごめんなさい(´`:)）
もちろん悪いことは叱りますが、本人の日ごろ我慢や劣等感などにも「でも、あなたも頑張ってる（つらい）んだよね。」などの言葉で認めてあげるのも安心感につながるのではないでしょうか？
お子さんとお母さんの未来が、よい方向に進んでくれることを心から願っています。