長期休み前に、今まで一緒に帰ってきた子に嫌われている事に気付かず、これからも一緒に帰ろうと誘ってしまいました。長期休みに入り、相手の今までの反応を振り返ってみたら嫌われている事に気付いたようで、今ではその子の事を恐がっています。
相手の気持ちに気付いた息子に私自身、何と声をかけるべきか悩んでいます。帰る約束もどうしたら良いのか、、、ご助言頂けると助かります。

話をよく聞いてあげることだと思いますが

キッカケになった出来事は何もないのですか？？

一緒に帰るかどうかですが、その場の気分で気まぐれに変えるのは子どもアルアルです。（やらない子のほうが多数派ですけど）

何なら、今日早く帰らないといけないからーと二度三度シレッと先に帰れば良いと思います。

それで、仮に相手を怒らせてしまっても、距離がうまくできるはずですし。

こういう場面で嘘をついて相手を避ける。などもよくあります。ただ、嘘の頻度が高くなると相手が相当鈍くても流石にバレてしまうものなのですが、悪意がない嘘だったのならば、そのうち自然と水に流してはもらえます。
ただ、親しくなることはあまり無いかと思います。

そういう事を一度二度された相手とは仲良くはしても必要以上に親しくはしないのが適切な距離で、こちらからはもう誘わなければ良いので

今後も仲良くしたい相手でもなければ、何も言わずにやめても構わないと思いますけどね。

相手が帰ろうと言って誘ってきたら、我慢して帰るぐらいの芸当はして欲しいですが、そういうのは難しそうですか？

定型さんどうしでもあるトラブルですが、子ども同士でケンカしたり揉めるなどしつつ解決することなので、親が仲を取り持つ等はしなくて良いと思いますよ。

お子さんが少しずつ気持ちを切り替えられるように、普段と変わらない対応を続けながら、そっとサポートしてはどうでしょうか？

私なら、なんで嫌われていると思うのか？を率直に聞いてみると思います。

それと、今後の対応で避けたいシチュエーションが一つあって

今まで、無理やり突き合わせてごめんね。と謝るのだけは避けておきたいです。
お子さんが自発的にやる分には問題無いと思いますが、そう伝えると普通はあちらは「建前」で返してきます。
そんな事無いよー。と言われてしまったたら、本人は違うんだ！と思ってしまい、余計相手とギクシャクしはじめます。

また、相手がボッチでの登下校を避けたくて、嫌でも割り切って登下校相手としている可能性もあります。

その場合は、一緒に帰ろうとされるかも。

その時はその時ですね。

中学生ぐらいなら、何故こうなるのか？を状況説明する手がありますがお子さん小さいので、見守る他ないです。