私は、発達障害や精神疾患に長期間で精神科医から抗精神薬を処方されるのに疑問を感じます。

多動や興奮、抑うつ、症状の急性期ならわかりますけど長く飲み続ける事によって薬物耐性、依存、副作用が多く出ますし身体にとってデメリットが多いと思います。

精神療法を進めず薬物療法ばかりメインにする医者からはセカンドオピニオンした方が良いでしょうか？

ケースバイケースだと思います。
私の父は50歳くらいで統合失調症になりました。
職場もそうですが、家庭では特に大変でした。
本人は自分がおかしいと思ってないので、病院に絶対行かないので、周囲は困り果てました。
職場の上司も説得してくれましたが、ダメでした。
結局母だけが精神科に行って薬をもらって、父に内緒で飲ませていました。
どのくらい経ったかはわかりませんが、仕事も辞めて落ち着いてきたので、母は薬をもらうのをやめていました。
というのも、以前は父の仕事の関係で、保険を使うと父にばれるので全額実費で薬をもらっていましたし、母も仕事と家事で忙しかったので。（内緒で薬を盛るのも大変な作業ですから。）
そうしたら、たまたま私が仕事を辞めて実家に帰っていた時に、また精神状態が悪化して奇行が現れました。
行動だけでなく、顔つきもすっかり変わっていました。
で大学病院の精神科の檻つき個室に入院となりました。
その後大部屋に移り、退院後はまた父に内緒で薬を飲ませていたら、普通に生活できる状態になりました。
父をみていると、薬がないと（周囲が。本人の自覚はない。）大変なことになり、薬があれば普通に生活できていましたので、薬が良くないといわれれば本当に困ります。
一方で医療従事者として、薬害で危険な状態になった、もしくは薬害で亡くなったのでは？とか睡眠薬漬けでぼんやりしている老人も多数みてきており、そういう立場からはきらり☆さんの気持ちもわかります。
お子さんの薬のことで納得がいかなければ、セカンドオピニオンされた方がいいと思います。
特に年の若い子どもさんでしたら、心配が多いのはわかります。
納得の上で断薬か継続か、決めていければいいですね。