３歳、年少。トイレトレーニングをしています。パンツだとおちんちんが痛いと言って少し嫌がります。ネットでも検索してみましたが、なぜ痛いのかよくわからず、悩んでいます。おちんちん自体にすれたり赤くなったりしているような様子はありません。何か同じような経験をされた方がいたらアドバイスお願いします

「痛い」が本当に「痛い」という意味で使っているのかが定かではない年齢でもありますよね・・・
でも「少し嫌がっている」という事実はあるなら、たけのこさんがおっしゃっているような我慢しちゃってるとか、やっちんさんがおっしゃるようなオムツに戻りたいとか、あり得ますよね。
後は、パンツという事は布ですから、触感が今までと違って嫌だとか、オムツより硬い感じがするとか、赤くなっていないならアレルギーではないかもしれないですけど触感過敏とか、パンツになっておちんちんを意識するようになって気になってしかたがないとか・・・
あ。男の子のパンツって、前に窓がついてるんでしょうか？　その縫い目があたるという事もあるかもしれないです
。
上げればキリがなくなりそうですけど、女の子でもパンツにすると痛いと言う子もいて、触感が不快だったという事もありました。
３歳健診がまだでしたら、検診で聞いてみるといいと思います。
また、素人だと見逃してしまうような変化があるのかもしれないので、かかりつけの小児科があれば、そちらで診ていただけば安心ですよね。