よろしくお願いします。

6歳男子、自閉症＋軽度知的障害があります。
好きなお友達に抱きついてしまいます。可愛いと衝動的にやってしまうようです。

幼稚園の女の子数人と弟が今のところ対象です。

相手を驚かせて泣かせてしまった事もあります。（幼稚園の先生の仲介のおかげで、最初は泣けてしまっても、次第に仲良くなっているようです）

代替行動として、頭ヨシヨシや手を繋ぐ、声に出して「可愛いね」と伝える、と教えています。

家では弟に毎日やっています（弟は、嫌なら振り払ったり、仕返しします）。

体も大きくなったし、そろそろ本当にやめさせたい。代替の声かけも、2年くらいはしています。

このような場合、タイムアウトは使えるのでしょうか？

また、タイムアウトを使うことにより本人に辛い記憶が残る事は無いのでしょうか？

本人に辛い記憶が少々残っても、年齢的にもうやめさせないとまずいんじゃないですかね。
これ、残ったら先々トラウマどころの傷では済みませんよ。
小一のうちになくそう！が一つの理想的な目標でしょうか。
二年生だとちょっと…、三年生だと完全にアウトです。温かく見守るのは簡単ですが、なおしどきを失いかねません。

優先順位として、やめさせるが先かと。

傷つけない方がいいに決まってますが、ここで傷つけないか心配だという気持ちの優しさは、ここの指導ではマイナスだと思います。
２年間トライしていて、それでもなかなかうまくいかない。というのは、親としては悩ましく途方にくれてらっしゃることだろうとお察ししますが、ぞんが、なにがなんでもやめさせる。で徹底するぞという意思は自然と子どもに伝わりますから、そこを意識して。
そこでどうプレッシャーをかけすぎないか？だと思います。

異性に抱きつくはあってはならないことです。

男の子同士ならまあヨシですが、相手が嫌がることはやめなきゃいけませんよね。

まずは第一段階で女の子や小さな子には絶対に抱きつかないし、触らない。

とまず徹底して教える。
女の子やおちびさんに触っていいのは手首から先だけ。と教えています。
可愛いね。というのも、私は勧めません。それがアリなのは幼児期だけです。言ってはダメではないですが、積極的に言わない方が無難。

やったら引き離してタイムアウトさせて、落ち着いてからダメなことを復習させるのは悪いことではないと思います。

しかし、抱きつくことで安心感等があるなら代替策もないとつらいかと。
ぬいぐるみをぎゅーっとするとか、毛布やタオルにくるまる。お気に入りマスコットを持ち歩いてすりすりできるようにしておくなど。
女子にしなくなってから、男子への対応も教えたいですが、今はシンプルに「やめて」と言われたらやめる。ということをまずしておくことかと。
誤学習と修正の繰り返しかもしれませんが、とにかく女子に抱きつくは園等にも協力してもらい繰り返し学習です。
抱きつくのを止められて悲しくなってもタイムアウトで落ち着いたら、大丈夫だった。とわかるのも一つです。
知的障害があるようなので、もう少しゆっくり見守ってあげたいですが、ほかのことはともかくここだけは！！と思いますよ。