小３の息子（弟）のことで相談があります。
特別支援学級情緒クラスにおり、３年生からは国語と算数を特別支援学級で受けています。
（１・２年はほぼ交流級でした。参観日を見る限り授業中は上の空でした）
自閉症スペクトラムと診断されており、自立支援医療をうけております。
児童精神科には行きたがらず、親のみの通院をしています。
服薬は医師から勧められていますが、断っており飲んでいません。
放課後デイにも週５通っています。
新しく通い始めた２箇所目のデイが公立屋内プールに連れて行ってくれるというので
入館料無料のことを思い、精神の手帳を申請しました。
本人に告知し、了解をもらった上でした。
しかし、結果は非該当でした。
発達障害は精神手帳と思っていた私はびっくりしましたが、医師に言わせると発達障害＋精神疾患がいるそうです。
まだ二次障害には至っていませんが、前通っていた留守家庭子ども会では全体指示が通らず、
他の子から「先生が言っているよ」と言われ、「なんで僕ばっかり怒られるんだよ」と言ったり、
ちょっとしたことでパニックになったりしていました。
そのため、留守家庭は諦めて週５でデイにしました。
兄は（中３）小３から通級でしたが、小６から中２の夏まで不登校で、
その前からも学校の先生や親に対して暴力傾向があり、家庭内暴力時に警察も一度呼んだことがあります。
服薬もしており、定期的に児童精神科に通っています。
（現在医師の指導のもと服薬を減らして様子を見ている状態です）
公共交通機関が大人料金になる小６の終わりに精神手帳を申請し、２級です。（更新も一度有り、２級でした）
兄が２級なのに、それより発達障害度が重いと思われる（通級より特別支援学級の方が重いと思うのです）弟が却下とは！！と理解に苦しみます。
弟が却下なら、不登校が落ち着き学校に行けるようになり、暴力的傾向も収まってきた兄は等級が３級になるか却下になるのかなどの別の心配もあります。

発達障害は精神手帳なのですが、精神の手帳は日常的にどのような制限があるか？ということで程度を判定していきます。
判定基準を読んだことはありますか？
先だって、改めて判定基準を読む機会がありましたが、精神神経症状(だったかな？表現は違ったかもしれません。)があること。とハッキリ明記されていました。
ですので、医師の説明はあながち間違ってないと思います。
国の方で示している基準にそのように明確に記載がありますのでそのとおりだと思いますね。

単に発達障害があります。ではダメなんです。

精神神経的症状という書き方だったかと思いますが、それが何に該当するのか？は私も確認していませんが

例えばですが、お兄ちゃんの場合は不登校であったことが大きいと思います。

弟さんの方は認知の歪みは大きいと思いますが、服薬もされておらず(結果的に)、精神神経症状の客観的立証はより難しいと思います。
診察を受けてないのも理由はどうあれ個人的には問題があると思います。(本当に受診できないというのはより困りとして認められますが。)

どこの学校に入ってるかどうか？等は判定基準上は求められていませんが、診断書にはどういう支援を受けているか？は書きますので、考慮してもらえているはずです。

窓口で聞いたときは、◯◯なら大丈夫という言い方は出来ないですがという大前提がありましたが、通院していること、服薬、不登校等々の二次障害があるかなどザックリ聞かれ、おそらく申請があれば。というような話はされました。
医師からもまず、三級はもらえる状態と言われてもいますが、やはり二次障害の話はされています。

制度がそうなっている以上はやむを得ないでしょう。
診断書の書き方等々については確かにありますが、そこは何とも言えません。
基準や運用を見直すべしという場合、だいたいざっくりと以下の流れになります。

行政処分(手帳交付しない処分)に対する異議申し立て→上級庁への申し立て(再審査の請求)→審査請求による採決が納得いかない場合。原処分の取り消しを求めて裁判→そこで、採決の違法性だけではなく、原処分の違法性についても争えれば最高裁まで争い、そこで「これは制度に問題あり」という結論が出れば、まず見直されると思います。

そこまで私はやろうとは思いません。